Powszechnie uważa się, że pizza była wynalazkiem Włochów. Historia jednak mówi co innego. Pierwsze danie typu pizza zaczęli serwować Grecy, a nie Rzymianie. Grecy piekli płaski chleb w piecach błotnych polewając go oliwą z oliwek i posypując przyprawami.
Słowo pizza zostało po raz pierwszy udokumentowane w 997 roku w Gaecie, a następnie kolejno w różnych częściach środkowych i południowych Włoch. W XVI-wiecznym Neapolu placek zwany pizzą sprzedawany był na ulicy ludziom biednym. Danie zyskało na popularność kiedy do placków zaczęto dodawać pomidory i ser.
Według dokumentów odkrytych przez historyka Antonio Mattozzi w 1807 roku istniały 54 pizzerie. W drugiej połowie XIX wieku liczba wzrosła do 120. Antica Pizzeria Port’Alba w Neapolu jest powszechnie uważana za pierwszą na świecie pizzerię, która od 1738 roku wytwarza pizzę.
Do dzisiaj w historycznej części Neapolu jest wiele znanych pizzerii, w których można posmakować tradycyjne placki. Większość z nich w przygotowaniu pizzy trzyma się najstarszych tradycji używając tylko pomidorów San Marzano uprawianych na zboczach Wezuwiusza, a polewę pomidorową dodają na pizzę tylko w kierunku zgodnym z ruchem wskazówek zegara. Do dzisiaj prawdziwa neapolska pizza jest miękka i giętka, a rzymska chrupiąca i cienka.
Do początku XX wieku pizza była głównie spożywana we Włoszech. Pizza pojawiła się po raz pierwszy w Stanach Zjednoczonych wraz z przybyciem włoskich imigrantów pod koniec XIX wieku i była popularna wśród dużych włoskich populacji w Nowym Jorku, Chicago, Filadelfii, Trenton i Saint Louis. Pierwsza wzmianka o neapolitańskiej pizzy pojawiła się w magazynie Serious Eats w 1904 roku. Prawdziwą popularność zdobyła po II wojnie światowej, kiedy wojska alianckie stacjonujące we Włoszech raczyły się pizzą i innymi włoskim potrawami.
Od grudnia 2009 roku pizza napolitana jest chroniona certyfikatem TSG (ang. „świadectwo szczególnego charakteru”) wydawanym przez Komisję Europejską. Oznacza to, że tę odmianę włoskiego specjału można przyrządzać wyłącznie według ściśle określonej, tradycyjnej receptury.
Margherita (jeden z wariantów pizzy neapolitańskiej) zawdzięcza swoją nazwę królowej Włoch – Marghericie Sabaudzkiej – która w 1889 roku podczas wizyty w Neapolu miała zasmakować pierwszej współczesnej pizzy, przygotowanej na jej cześć przez miejscowego piekarza. W grudniu 2017 roku pizza napoletana została wpisana na listę niematerialnego dziedzictwa kulturowego UNESCO (UNESCO Intangible Cultural Heritage Lists).
